Психофизиологические экспертизы на полиграфе проводятся в рамках уголовного и гражданского процессов, а также по делам об административных правонарушениях. В рамках гражданского процесса заключение экспертизы используется в соответствии с ГПК РФ, а именно статьей 71. «Письменные доказательства».
В рамках уголовного процесса, согласно ст. 195 УПК РФ о Порядке назначения судебной экспертизы: «Судебная экспертиза производится государственными судебными экспертами и иными экспертами из числа лиц, обладающих специальными знаниями».
Основным законом, на основании которого проводятся психофизиологическая экспертиза с применением полиграфа является ФЗ N 73-ФЗ «О государственной судебно-экспертной деятельности в РФ».
В ч. 3 п. 2 постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации от 21.12.2010 года № 28 «О судебной экспертизе по уголовным делам» разъясняется, что «под негосударственными судебно-экспертными учреждениями следует понимать некоммерческие организации (некоммерческие партнерства, частные учреждения или автономные некоммерческие организации), созданные в соответствии с Гражданским кодексом Российской Федерации и Федеральным законом «О некоммерческих организациях», осуществляющие судебно-экспертную деятельность в соответствии с принятыми ими уставами».
Основные принципы проведения психофизиологические экспертизы: экспертиза проводится объективно, на строго научной и практической основе, в пределах соответствующей специальности, всесторонне и в полном объеме.
Заключение эксперта о психофизиологическая экспертизе с применением полиграфа должно основываться на положениях, дающих возможность проверить обоснованность и достоверность сделанных выводов на базе общепринятых научных и практических данных.